Стандартный медиа плеер после обновления библиотеки запихивает к себе в список всё что только можно.
Нашел способ настроить исключения папок, чтобы он системные звуки не добалял в библиотеку.

Если кому интересно - все дело в ключе реестра [HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\MediaPlayer\Preferences\FoldersExcludedFromLibrary].

В его значение надо вписать пути ненужных папок через точку с запятой.
Например:
FoldersExcludedFromLibrary="\Storage Card\My Documents\Мои мелодии звонка;\Storage Card\Program Files\QIP PDA\Alerts\QIP PDA alerts;"

После этого надо обновить библиотеку из плеера.